AMBER软件介绍

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Amber是由加利福尼亚大学的一组Coleman教授为生物分子开发的一系列建模和分子力学和动力学模拟程序。有许多程序，例如构建模块，其安排溶剂水分子并执行电荷拟合。您还可以使用分析工具执行NMR细化并执行动力学计算的轨迹分析。 Amber有其非常有用的参数，近年来已经报道了许多使用该程序的论文。
琥珀的技术支持和培训课程也接受。
琥珀由Amber和AmberTools组成，它们组合使用。
砂光机：分子动力学计算的主程序。可以基于从距离约束，扭转角约束，化学位移和从NMR NOE测量获得的NOESY强度获得的罚函数来细化NMR结构。
pmemd：sander的计算速度大大提高。并行效率也大大提高。
支持Xeon Phi和GPU。
LeaP，parmed：构建基本模型，并能够为动态计算创建坐标和拓扑输入文件。内置了一个简单的分子编辑器来创建和操作新的残基。
NAB：用于编写专门操作分子结构的程序的语言环境。基于分子力场计算和距离几何的建模。
前室：自动化为一般有机分子创建力场参数集的过程。通常，您从PDB格式结构文件开始，并创建一个可由LEaP读取的文件。设计输出参数使它们可以与蛋白质和核酸同时使用，从而实现将它们组合在一起的模拟。
MCPB：用于创建包含金属中心的力场。
cpptraj，pytraj：分析 MD 轨迹并执行各种计算。可以进行许多分析，例如计算参考结构的RMS偏差，氢键分析，时间相关函数，径向分布分析。
mm_pbsa.py：一种脚本，可自动进行MD 轨迹的后处理，并可对连续溶剂模型执行能量分析。将能量分解成来自不同残基的能量碎片并估计构象之间的自由能差异。

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