Editsprings@163.com (周一至周日,9:00-23:00) | (周一至周日,9:00-23:00)

BandScan软件介绍

论文服务工具 | 2020/02/27 18:04:48  | 132 次浏览

艾德思为您提供论文服务软件、工具服务介绍,帮助您在科研道路上一帆风顺。

  现在有很多常用的分子生物学软件,但对于初学者,尤其是不太擅长计算机者,使用起来有相当难度。琢磨说明书,或者自己一点点试验,难免觉得头绪纷繁,乃至兴味索然。后来我发现,其实用一个实例,从头到尾示范一遍,可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。其他的一些情况就可以自己去摸索了,这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件STEPBYSTEP的系列。这个想法在心里很久了,但是一直没有时间付诸实践,的确是因为没有较为空闲的时间。今天就从BandScan这个软件开始。由于不是很熟悉制作过程,奋战一整天,终于完成了第一个实例学习。
  BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件,我们用它重要是为了分析蛋白表达量。现在,我就以我自己表达的一个蛋白图,来示范这个软件分析的过程。最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。
  1.安装软件BandScan5.0。主程序可以在网上找到(请搜索以往的帖子或用google搜索BandScan_dl.exe)。安装以后加个补丁(如果找不到补丁可以email我zhuzhang@sohu.com,这有4.3、4.5和5.0的补丁,请尽量自己先找一下)。
  2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。
  3.打开后的界面如图。
  4.打开一张扫描好的电泳图。BandScan可以识别TIF和JPG格式的图片,很方便。打开工具栏上的file/opentiff,jpgfileformat,选中待分析的图片。
  5.打开。这时候凝胶图像显示出来。1道是低分子量标准,2道是诱导表达的蛋白,3道是未诱导的对照。旁边有一个图像预览窗口ImagePreview,可以看到,除了cancal,其它命令框都是灰色的(不可操作)。其实这里是要你先选定一个图像处理的范围(selectrectangle)。
  6.从凝胶图左上角按住鼠标左键划到右下角,松开鼠标,划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。这时,命令框内均变成黑色的(可以操作)。上面那个undorect可以取消选框,下面的imageoptions可以选择是否和如何旋转图像。本例中均不改动,直接单击acceptselectedregion。
  7.出现colortosignalselections复选框。这个是选择信号检测方式,直接用默认的originalimage,或选择grayscale(灰阶)。本例中不改动,单击usecurrentimage。
  8.出现如下分析框。它是自动转换成灰阶的。其左上角的数字是鼠标所在的坐标和灰度值。移动鼠标就可以看到它的变化。
  9.现在让BandScan来分析一下电泳条带吧:)打开工具栏上的bandfinding/findbands,出现一个让你选择有几条泳道的框selectingnumberoflanes,我们设置成3道。
  10.看,每一个条带都自动被框起来了:)红色+记号是条带的中心位置,兰色竖线是泳道位置。同时出现了一个复选框selectmoreorselectfewbands。可以根据总灰度、最大灰度和大小为标准来自动选择蛋白条带。拉动左边的滚动条,可以增加或减少条带的数量。选好后单击ok。
  11.现在就可以看看蛋白的表达量了。打开window/bandtable。出现了一个bandlocation的表格。把它最大化,放到右边。这里的数据是每个条带的中心位置(红色+的位置)。
  12.在bandlocation的数据类型datatype中,选择percentsignal,就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。
  13.单击自己的表达条带,则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。我表达的融合蛋白约占细菌总蛋白的29.8%。我们要的数据就得到了。自己再重复一下整个过程,会发现,原来是如此简单:)
  总结:因为BandScan绝不仅仅是这么简单,它还可以做很多事情。比如通过设定一个条带的量(标准)来推断表达蛋白的量。比如用手动方式加入未被自动选择的条带,等等。举个例,我们发现我的目的条带上面有几个浅条带没有被选上,可以用bandfinding/manuallyinsertaband命令把它们选上。这时,条带百分数也会随之改变。

  特别声明:本文转载仅仅是出于传播信息的需要,并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性;如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用,须保留本网站注明的“来源”,并自负版权等法律责任;作者如果不希望被转载,请联系我们删除。

母语润色专业翻译论文预审修改指导图表服务 ¦基金标书用户评价联系我们

语言不过关被拒?美国EditSprings--专业英语论文润色翻译修改服务专家帮您!

上一篇:Mockplus软件介绍

下一篇:DiagramDesigner软件介绍

特别声明:本文转载仅仅是出于传播信息的需要,并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性;如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用,须保留本网站注明的“来源”,并自负版权等法律责任;作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜,请与我们接洽。

凡注明来源为“EditSprings”的论文,如需转载,请注明来源EditSprings并附上论文链接。

最热论文