Quantity One软件介绍

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    QuantityOne免费版是一款功能强大的WesternBlot结果分析软件，可以对电脉结果进行分析，包括图像获取、图像预处理、分析、结果输出四部分，另外还支持定量分析、条带分析、差异分析等，还可轻松控制Bio-Rad公司的各类图像仪和ExQuest自动切胶仪，让凝胶分析变得更简单。

    第一章图像获取

    QuantityOne4.4-4.6版本可以控制Bio-Rad目前几乎所有的图像仪，如GelDocXR、ChemiDocXRS等。这些图像仪采集到的图像，可以直接保存成软件可直接分析的图像，即扩展名1sc的原始图像文件。下面将具体介绍如何通过QuantityOne软件从GelDocXR获取图像。

    GelDocXR是Bio-Rad凝胶成像系统中最常用，操作最简便的仪器，它可以用来拍摄EB、SYBRGreen等染料染的核酸电泳凝胶;SyproRuby、银染、考马斯亮蓝等方法染的蛋白电泳凝胶;以及化学显色的印记膜等。

    使用GelDocXR之前，先接通电源，打开位于仪器背面右下角的电源开关;然后根据具体的应用选择合适的照明和滤光片位置。原则如下：

    表格形式

    模式1.如果样品是通过EB、SYBRGreen、SyproRuby等染料通过紫外激发来显色，就先将样品置于紫外透射平台(UVTransilluminator)的中间，关上暗箱门，然后按下面板上的“TransUV”按钮，并将滤光片选择杆置于位置“I”处。

    模式2.如果样品是通过金属银、考马斯亮蓝等染料染色，就先将白光转换屏(WhiteLightConversionScreen)取下，打开下部的开关，放在紫外透射平台上，样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的“TransWhite”按钮，并将滤光片选择杆置于位置“I”处。

    模式3.如果是化学显色等非透明可见样品，则用模式2中所示方法，将样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的“EpiWhite按钮”，并将滤光片选择杆置于位置“O”处。

    接下来打开QuantityOne软件，选择File》GelDocXR，按以下顺序操作：

    ①按下Live/Focus，成像仪进入实时成像;

    ②选择照明模式，一般核酸胶用UV,蛋白胶用White模式;注意，选择完成后，要按下成像仪面板上相应的光源按钮

    ③此功能有三个上下键按钮：IRIS(光圈)，ZOOM(缩放)，FOCUS(聚焦)，您可在软件上直接调节或在仪器面板上手工调节调节步骤：

    a调大IRIS，以看到图像

    b点ZOOM,将胶适当放大

    c调节IRIS至合适大小(一般情况下尽量选择小光圈，因为小光圈景深大，图像更清晰)

    d调节FOCUS，至图像最清晰按

    ④按“AutoExpose”;如是，单击AutoExpose,系统将自动选择曝光时间成像，如不满意，单击ManualExpose，并输入曝光时间(秒)，图像满意后保存,在自动曝光期间，图象会持续的输入到CCD中，直到达到一定比例的饱和象素值，此比例在Optionsdialogbox中设定(默认值=0.15%)。

    一旦图象质量达到要求，点击Freezebutton来终止曝光。

    ⑤如是蛋白凝胶，接第6步直接将清晰的图像保存即可

    ⑦按下“Analyze”;这将会打开一个新的窗口来显示捕获的图象，该图象具有默认名称，具有日期、时间及用户名(如果已知的话)等信息。

    ⑧按下“Save”键，保存图像。

    第二章、图像分析

    QuantityOne的图像分析功能相当强大，根据不同的需要，可以分为定量分析、条带分析、相似性分析以及克隆计数(用于蓝白斑筛选)等等，而且每种分析法都有独特的优点和输出方式。本章重点介绍常用的定量分析和条带分析方法，其余更细更深的功能请参考软件自带的用户手册。

    一.定量分析(VolumnAnalysis)

    定量分析是计算选定区域内信号强度的总和，是QuantityOne最方便的定量工具。这种分析方式考虑选定区域的真实形状，可用于电泳条带、斑点、大型芯片等图像的定量。这种定量的方法可以扣除背景，可以按照用户的标准曲线计算出条带或斑点的浓度，但它不能计算分子量，也不能进行条带匹配和相似性分析。QuantityOne软件称这类定量的结果为Volume。

    Volume=选定区域内所有像素信号强度的总和×像素面积

    Volume的单位：int×mm2

    快捷指南VolumesQuickGuide，能够指导您对任意所选区域进行定量分析,此分析可以报告多种结果，常用的结果是相对浓度和绝对浓度(须提供标准品)。具体的操作方法如下：

    1.选择成像系统或打开已保存的文件(软件可以控制Bio-Rad所有的成像系统如GelDoc,ChemiDoc,VersaDoc,GS-800,FX,如不是Bio-Rad成像系统所摄取的图象，将图象保存为Tiff[1]文件格式，软件也可进行分析处理)

    2.ZoomBox，缩放，对图象进行放大观察

    3.Transform转化，调节图象的对比度黑白

    4.选择待分析区域：

    VolumnContourTool等高线勾勒区域，自动连接浓度相同的点，如U1

    VolumeFreehandTool自由画笔选择区域，可以勾勒出无规则形状,如U2

    VolumeRectTool矩形区域选择，如U3

    VolumnCircleTool圆形选择区域，如U4

    按上面4种方法选择需要定量的区域。

    5.双击所选区域，出现如下窗口，定义样品类型，如未知样品Unkonwn(U1,U2…即待计算样品)，背景Background(B1,B2…，软件在算浓度时会将此区域的浓度自动扣除)或标准样品Standard(Std1,Std2,如果该样品是浓度标准样品，即定量标准，需在浓度concentration一栏输入该样品的浓度)。

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