NatureProtocols南方医科大学朱浩张海研究团队建立一个全基因组的跨物种lncRNAs分析平台,EditSprings,艾德思



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哺乳动物体内拥有着大量的IncRNAs可以与DNA序列结合,并将组蛋白和DNA修饰酶结合到结合位点上,从而对靶基因进行表观调控.然而,大多数IncRNAs的结合序列和靶位点都是未知的.整个基因组中大量的lncRNA和靶位点使得纯实验检测lncRNA与DNA的结合是不可行的.

2019年1月30日,南方医科大学朱浩/张海研究团队等人在 Nature Protocols 上在线发表了题为 Pipelines for cross-species and genome-wide prediction of long noncoding RNA binding 的论文.该研究 建立在一个基于GENCODE注释的人类和小鼠IncRNA的数据库 IncRNA/DNA结合分析的protocol. 该方案可以用于回答:哪些lncRNAs可以通过表观基因调控哪些基因,并可用于确定基因组和表观基因组编辑的潜在位点等一般性问题.

 

 

 

 

在这里,研究人员报告了一个IncRNA/DNA结合分析的protocol,它建立在一个包含GENCODE注释的人类和小鼠IncRNA的数据库中,17种哺乳动物的这些IncRNA的同源体和17种哺乳动物的基因组序列上.跨物种和全基因组的IncRNA/DNA结合分析从数据库搜索开始,并由数据库搜索驱动.预测的DNA结合基序和结合位点回答了一般性的问题,即哪些lncRNAs可以通过表观基因调控哪些基因,并可用于确定基因组和表观基因组编辑的潜在位点.

 

 

集成多个数据源和程序的分析平台

 

为了使用该方案,需要初步了解基因配对规则,这些规则指导非编码RNA与DNA结合形成三链体,以及使用UCSC基因组浏览器所需的技能.全基因组预测需要2到10天,结果通过电子邮件自动发送给用户.该平台不断更新,可以在更短的计算时间内研究更多的lncRNA和更大的基因组区域.

 

 

原文链接:

 

 

 

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