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艾德思:如何总结和整理学术文献

论文润色 | 2019/06/27 15:11:39  | 262 次浏览

我认为整理文献的主要目的就是: 能够在任何条件下, 快速找到所需信息. 任何好用的软件,都不如大批量多批次的文献阅读. 我的思路是: 轻整理,重搜索 . 轻整理,是指不对文献分类,或者只是对文献简单分类. 重搜索,是指利用不同的搜索工具,快速定位到我需要的文献. 我认为在现在搜索技术已经很强大的情况下,如果利用笔记等手段整理,反而容易造成条条框框,在对于一篇文献关注太长的时间,不利于提高效率. 在日常使用中, 除了在文献PDF上直接标注,我很少用其他的软件去记录我看过的文献. 因为除了文献本身,其他还有什么载体能够那么直接方便地记录呢? 所以整理文献问题就成了 : 怎样快速找出那篇有我笔记的PDF文献. 以此为目的, 我建立了一套以文献PDF云同步为基础,辅以大量搜索工具的文献整理方案. 其实做过科研工作的人都会发现,其实真正需要把一篇文献从头到尾读完的情况是很少的. 在大多数情况下,我们需要的其实是 大批量多轮次 地阅读文献,因为在一个项目的不同阶段,哪怕是同一篇文献,所关注的点也是不一样的. 如果在项目初期,就对所有的文献,都投入同样的时间,阅读同样的深度,势必会浪费大量时间和做无用功. 我曾经也走过文献整理的弯路,每阅读一篇文献,都会在Onenote上建立一个条目,按照文献题目,创新点,实验过程,个人感想等分别填空. 但是文献读的多了之后,这个方式我觉得效率不高,用的频率也越来越少了. 我现在的主要方式是: 以Mendeley建立电子文献索引为主,并以云端同步PDF文献为主要储存手段,通过Everything,Google Scholar,桌面搜索软件,Onenote笔记等多种搜索手段,快速找到自己所要的信息. 干货开始

 

重搜索部分

 

在新项目(写一篇综述,开始一个新课题或者完成一份大作业)开始之前,我会在Mendeley中根据不同项目,建立一个新文件夹.

 

一个项目刚开始的时候,文件夹中没有文献,就需要先建立一份本地的文献原始积累. 我习惯在Web of Science上根据关键词去找所需要的文献.

比如我现在想看一下微流控单细胞测序(microfluidic single cell sequencing)最近的进展时,就去WoS搜:

 

总共有214篇文献. 我会把214篇文献的题目先全部浏览一遍,其中大概100篇需要下载看一下PDF. 最后我会剩下大概50篇左右PDF,拖进Mendeley,建立原始的文献积累. Mendeley会自动提取文献信息,按照文献的发表年份,期刊,和论文题目将文献重命名,并将该文献自动整理到指定文件夹中,完成文献的原始积累.

其他回答中提到了用Endnote. 我用Mendeley而不是Endnote做文献索引,主要是因为: Mendeley是我用过所有的文献整理软件中,提取论文题目,发表年份和期刊等信息最准确和方便的软件. 看到一篇有意思的论文,我只需要往Mendeley中一拖,它就会帮我自动提取文献信息建立条目,并将文件拷贝到指定文件夹中. 其他的软件,要么是提取文献条目的准确度不高,要么就是建立文献条目非常麻烦,需要花大量的时间去建立条目,大大降低文献阅读效率. 我又将这个Mendeley的文件夹中所有文献用dropbox同步. 之后我要看文献时,只从这个文件夹中打开文献. 这样做的好处就是,把所有的文献和笔记信息全部集中化了,不会造成信息碎片.

 

做笔记我也只在PDF上做,这样就不用另外开一个软件写笔记,并可以对自己感兴趣的信息直接标注,实现信息最大程度集中化. 哪怕打印了纸版的文献,我在看完后也会把纸版上的笔记全部在PDF上标注,避免信息碎片化.

 

 

我看一篇文献,除了一些世界上的顶尖超级大牛,一般记不住作者的名字,但是我一般会对论文发表年份和所在期刊有很深的印象. 而且一般题目又提供了论文中最主要的信息. 所以我设置Mendeley自动根据文献的三个强信息: 发表年,发表期刊,和论文题目 自动重命名,并结合everything,在本地实现文献的第一重搜索.

如果搜索目标很明确 ,比如我现在想找一篇之前在Nature Drug Review上看过的关于drug combination的论文,由于关键词很明确,用Everything直接就从本地找到了,耗时不超过3秒.

 

如果搜索目标不那么明确 ,比如题主说的,"总感觉有些文献读过就忘记了,想用的时候想不起来'; 或者找找一些特定的问题,不确定本地文献有没有. 这个时候我一般会把所有能想到的关键词输入,上Google Scholar搜索.

这个时候,可能会找到一些文献在本地是有的,那就可以根据文献名,用Everything快速在本地找到对应的文献.

 

如果一些文献本地没有,那就直接下载PDF,阅读后在Mendeley建立本地索引. 如果想要搜索特定一句话,或者在写论文的时候想对一些说法进行佐证, 就可以用Mendeley的搜索工具,

 

或者还是上Google Scholar. . .

 

轻整理部分

 

之后随着时间的流逝,一个文件夹下的文献慢慢变多,这个时候就需要在Mendeley中建立子文件夹了(对于我来说,每个项目中前前后后需要阅读的文献大概在300篇左右),也就是传统意义上的整理. 但是我不赞成把文献归类做的过细. 对一个项目下简单分类,使每个子文件夹中的文献大概不超过50篇,再通过发表年份,期刊名,作者名等信息,也可以很容易找到所需的论文了.

但是我现在不会等文献很多了之后再去建立子文件夹,而是会在平时读文献的时候,根据一个项目下的不同问题,建立一些小的分类. 在Mendeley中,同一篇文献是可以归属不同的文件夹的,所以在归文件夹的时候也不用那么纠结.

 

最后,我想说的是, 任何文献整理软件都不能代替人对文献的阅读 ,任何时候读文献中信息永远是第一位的. 整理软件只能够帮助更加快速地找到所需的信息而已.

 

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