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阅读文献是了解各研究领域内新动态的最重要途径.通过阅读最近出版的文章,研究人员可以了解国内外同行做了什么,怎么做的,得到了什么重要结论等.及时找到感兴趣的专业文献,并尽可能将重要文献吃透,对于研究是至关重要的. 当前,检索文献的主要方法是直接在数据库,特别是谷歌学术搜索关键词,找到关键文章后,再查看引用这些文章的文章,下载pdf全文,甄选后阅读.

随着研究工作的深入,文献也逐渐积累,绝大多数研究人员积累的PDF文件可能达几百个,几千甚至几万个.这么多pdf文件,如果不按照一定规则管理,并按照一定顺序优先阅读,很容易让人陷入文献的海洋.读文献宜精不宜多.时间有限,不能漫无目的地在文献的海洋中漂流.

本文分享一些跟踪/整理和阅读文献的方式,主要是希望对生态学研究生有所帮助.与标题的顺序稍有不同,按照阅读/追踪和整理的顺序介绍.

阅读文献 为什么要阅读文献? 阅读文献的最终目标是为自己在所研究的领域构建最前沿/最深刻的认知.最终目标是否达到,是一个人是否成为一流学者的重要因素.每一位研究人员都要做好文献阅读和整理,这是学术研究能历久弥新的重要保证.

具体来说,阅读文献主要有以下三个原因:

获得新的认知

学习新的方式

熟悉研究领域

这三点就不展开了.而读文献时最重要的一点就是目的明确,也就是知道想从这篇文献中获得什么.

学术文章的常见类别 1. 研究文章

主要是收集数据,通过一定的方式进行假设的检验,展示结果,讨论.这也是研究文章最常见的格式.研究文章最核心的内容,就是原创性和新的知识.因为这是人们从科学领域获得并且记录新知识的最重要方法.

2. 方式和技术文章 这种文章一般介绍新的软件或者新的方式/新的工作流程或数据标准,如Darwin Core数据交换标准,植物标本图像采集的流程和具体要求等.生态学中常用的vegan程序包,分子系统学中建立进化树的RAxML软件,作者都撰写了相应的文章.文章中介绍软件研发的背景/目的,实现的主要功能以及和其他软件相比的优势等,一般还会提供一个或者几个研究实例.如果软件或算法得到的了广泛关注,论文的引用率往往会很高.

3. 数据文章 一般只介绍数据以及数据采集和生成的过程,或者标准化的过程,并提供初步的统计图表等.例如介绍CHELSA气候图层的文章,介绍植物功能性状数据库TRY的文章等.一般来说,数据都在Dryad, Figshare, Github等网站,或者专门设立网站将数据公开.这类文章可能比较短,而且不包括对数据的深入分析.数据文章也可能是某地区的生物多样性编目,如某地区的物种名录及其濒危等级评估等.

4. 综述 综述是对某一个领域的研究现状进行总结/评述和展望的文章.国际上的主流学术期刊,一般以研究性文章为主,但也会发表少量综述,一般为约稿.部分期刊,如Trends in Ecology and Evolution, Annual Reviews上的文章以综述为主.这些文章,大多是某学者取得很高的学术声望后,由期刊的编辑发邀请函,请该学者围绕领域内的某一问题撰写的.综述文章往往涉及大量文献.一般的研究文章,参考文献数量很少超过100篇, 且一般在80篇以下,而综述性文章,为了详细介绍研究进展等,往往从学科的历史/现状/问题/展望等多方面进行论述,因此参考文献也较一般的研究文章多得多.阅读好的综述文章,有助于快速了解某一个领域的动态,把握学科的发展方向,也能帮忙快速找到以前忽略的重要文献,因此是了解某一领域的首选.

5. 观点述评 一般是学者对某一研究进展,或者现象表达个人观点的文章,在一定程度上接近综述,但由于篇幅所限,很难展示某一领域的全貌.一般来说,对某一问题持不同观点的学者, 可能在期刊的同一期,或者附近的几期内刊登文章.例如植物分类学家Maarten J. M. Christenhusz将蕨类植物的属名分类系统进行了大量合并,而一些蕨类专家对此持反对态度,因此在Taxon杂志上发表文章互相驳斥对方的观点.观点述评一类的文章,当然也要用数据支撑自己的观点,做到有理有据.

6. 编者按 一般是主编对某一期的若干篇文章进行简要的评述,也可能是基于该期发表的文章做进一步的呼吁(如怎样有效保护野生动植物)等.编者按一般是期刊编委会成员或者特邀编委撰写的,对于了解学科动态有一定的指导意义.

7. meta分析 一般是从不同的研究文章提取数据, 再进一步分析,一般也进行假说检验,形式上介于研究文章和综述之间.

读文献的基本要求 无论是读哪种类型的文章,最重要有三点要了解:

研究人员做了什么

得到了什么结果

作者持什么观点

研究文章阅读的顺序 一般来说,文章都可以从头到尾通读.如果时间太紧张,或者对技术细节不感兴趣,则可以按照以下顺序阅读:

先读摘要,确定是否有读下去的必要

再看图表,确定结果是否足够吸引人

再读结论,即文章最重要的信息是什么

再读讨论,了解结果的意义

若对材料与方式的细节感兴趣,则应全面阅读全文

若自己对研究内容与问题不太熟悉,则要从前言开始顺序阅读

阅读笔记 阅读笔记,就是在读文章过程中记录看文献时得到的重要信息以及自己的想法.一般用一两句话总结该文章做了什么,得到了什么结果或者结论,有什么不足等.以后要回忆文献的内容,直接看笔记就能想起来大部分.阅读笔记可在文献管理软件中撰写和保存.

用好文献管理软件 文献管理软件,对于每个读文章/写文章的的学生,都是必须要熟练掌握的.

常用软件包括Mendeley, Zotero, JabRef, Endnote等,只需要选择一种自己认为顺手的软件即可.这些软件一般都包括以下功能:

自动提取PDF中的文字信息, 通过查询文档的DOI或者对PDF内容进行识别,而在软件中自动填写文献的作者/标题/期刊/页码等信息

PDF的文字部分导入数据库中,以便搜索时能顺利找到

做笔记的功能

按照一定格式,在Word, OpenOffice, LaTeX文档中插入参考文献,能极大节省文章撰写的时间.

在文献管理软件中,阅读笔记一般可以和标签一样检索.如果阅读笔记总结得合适,一般在检索时能快速找到文献.

什么时候读文章,每天读多少? 写论文之前一般要大量阅读文章,以确保自己对学科状态有全面和客观的认识.科研人员来说,最好需要养成在空闲时间阅读和思考的习惯,只是要懂得怎样选择最适合自己的文章,去粗取精.对于博士研究生来说,最好每天能读一篇文献.

读文献遇到不懂的地方怎么办? 任何人在读文章时,都会有疑惑,或者对概念或者方式等不清楚.如果是关键性的方式,而作者在文章中介绍的不清楚,意见直接联系作者.其他情况下,意见按照以下顺序搜索或者请教问题.

谷歌 Google.善用搜索引擎已经是信息社会的基本生存能力.

维基百科 Wikipedia.对于一些基本概念,部分背景知识,维基百科介绍得可能更清楚.不过,因为所有人都能编辑维基百科,相关内容的可信度要经过认真评价.

在QQ群/微信群/Stackoverflow/统计之都等专业论坛咨询: 这些群或者论坛主要用来求助技术问题,特别是数据处理问题,如R,Python等的问题.国外就有研究生拍毕业照时,致谢Stackoverflow.

向同行求助.一些科研人员,愿意将自己的代码/模型等在网站上共享,一般来说,他们也非常愿意帮助别人.如果在QQ群/微信群/专业论坛等都没能解决,则可以尝试联系这些人,看是否帮忙解答问题.

文献检索 怎样获得研究领域的最新进展? 一般包括以下几种方法:

关注在谷歌学术设立个人页面的主要科学家,并让谷歌学术在作者有新文章发表时,发email提醒;

在Google Scholar创建若干核心文章的引用提醒(citation alert),这些文章在有新的引用后,谷歌学术就会发邮件提醒.

在ResearchGate, Twitter, facebook上跟踪感兴趣的学者;

订阅Wiley, Springer, Science Direct, Oxford等数据库中感兴趣期刊的Content Alert.有新文章发表时,系统会发邮件通知;

订阅期刊的RSS,有新的文章上线时,通过RSS Reader 等就能方便查看;

浏览学会或者期刊的网站或者博客,如英国生态学会(BES),Methods in Ecology and Evolution网站等都有相应的博客,介绍出版的重要文章;

专业论坛/QQ群/微信群等分享的文献

寻找文献的过程 通过Google Scholar等找到引用率较高的核心文章之后(又称为种子文章, seed paper),继续查找引用这些文献的文章,以及这些文献本身引用了哪些文章,防止将重要文献遗漏.综述文章一般可以作为种子文章,帮您找到更多的文章.

怎样下载文章的全文? 一般是在Google Scholar检索到之后,打开期刊的网页,找到DOI,然后在sci-Hub搜索DOI,就可下载到PDF全文.绝大部分英语文章都可以在Sci-hub下载到全文,由于Sci-Hub侵犯了一些出版商的知识产权,目前不清楚还能坚持多久.当然,如果能够合法下载,可能还是合法下载更好.

文献整理 综述或者引用率很高的研究文章要归类为核心文章,这些是必须要精读的.可在文献管理软件中添加特定标签,方便查阅.

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