研究生写SCI文章的窍门-EditSprings艾德思

最近又到了过年前，很多研究生面临毕业压力，又开始进入繁忙的投稿之中。这两天几个研究生在《生物信息学天空》qq群向大家询问一些文章修改的问题，我发现普遍一个情况就是，现在的研究生写作基本功极差，这里又分为两块，一块是不知道该写什么，这属于科研素质方面，这里不提；第二个是怎么写，这里很大程度上不是语言问题，而是专业词汇和术语。语言可以找公司润色，不过他们写过的你必须找一个比较专业的文章进行术语校对。你比如，有个同学提问，我们基因表达变化，有时喜欢用fold，有时是log2FC，其实完全一样，但是有个习惯问题，通过这个小小细节，专业人士一看你是外行，没有耐心看下去，直接把你的稿子干死。一定程度上，也避免了作者外行花钱买文章的风险。

凡事都有模板，都有套路，世上无难事，只要有模板，大家记住我这句话

我下面放一些文章，可供大家进行术语校对，另外对于如何用图，该提供哪种信息都有一定的选择，大家对一下自己类似文章，一定不能把润色过的文章直接投稿。一些术语的翻译哪个规范其实耗费很多精力，我当年也是被误导很多，你比如测序的read正确翻译是读段，有人不懂装懂告诉我有个权威翻译为读长，我就跟着改了，后来发现狗屁不通，吃了大亏。以后我就注意了，一些关键词语不仅多搜一些水平高的老师（注意不一定是院士大牛）的文章，然后结合自己思考确定。

还有一些图表也需要非常专业，原则上一个图一个故事，怎么把几个小图合并为一个复合图，把重要的信息展现给读者，我也是慢慢积累了很久。当前，我的一些科研走到了世界前沿，为了应对一些抄袭者或竞争者，更加注意用词，你比如国际首次（for the first time）；还有我的工作是validate了别人的结果，而不是confirm了他们的结果，一词只差，就把自己的工作矮化几千倍。所以大家写文章之前可以看看我相关的文章，起到事半功倍的效果。

我特此声明，我发表以下的文章和书籍，其实很大程度为了让大家了解生物信息学一些名词术语和写作习惯，特别是一些流程或结果如何表述。我的文章中的结构等大家随便套用，大面积使用都可以，我表示绝对支持，这些都是我自己写的，大家不用担心抄袭，嘿嘿

有关R语言和芯片分析可以引用我这本书《R语言与Bioconductor生物信息学应用》。

Statistics and plotting were conducted

using the software R v2.15.3 with the Bioconductor packages [1].

1. Shan

Gao, Jianhong Ou, and Kai Xiao, R language and Bioconductor in bioinformatics

applications (Chinese Edition). 2014, Tianjin: Tianjin Science and Technology

Translation and Publishing Co.

第二代测序，质量控制的预处理可以引用我这篇文章

The software Fastq_clean was used for RNA-seq

data cleaning and quality control [2].

2. Mi

Zhang, Feng Zhan, Honghe Sun, Xiujun Gong, Zhangjun Fei and Shan Gao.

Fastq_clean: An optimized pipeline to clean the Illumina sequencing data with

quality control. 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and

Biomedicine (BIBM), 2014. IEEE.

这篇文章很重要，有关我对进化的理解是，大范围的进化意义不大，所以集中到小范围，

特别是与功能研究结合才有意义，我这个是国际上首次发现回文与互补回文小RNA的，其中进化分析与功能结合，希望对大家有所启发

《Complemented palindrome small RNAs first discovered from SARS coronavirus》

Complemented palindrome small RNAs first discovered from SARS coronavirus

植物转录组这个包括GO和KEGG图表，非常规范

Qinghe Cao, Ang Li, Jinyang Chen, Yu Sun,

Jun Tang, An Zhang, Zhilin Zhou, Donglan Zhao, Daifu Ma, Shan Gao.

Transcriptome sequencing of the sweet potato progenitor (Ipomoea trifida

(H.B.K.) G. Don.) and discovery of drought tolerance genes. Tropical Plant

Biology 2016, 9(2):63-72.

植物基因组，特别是比较基因组的新方法，大家可以看看有关基因组重测序，结构变异等内容如何写

Fantao Zhang, Tao Xu, Linyong Mao,

Shuangyong Yan, Xiwen Chen, Zhenfeng Wu, Rui Chen, Xiangdong Luo, Jiankun Xie,

Shan Gao. Genome-wide analysis of Dongxiang wild rice (Oryza rufipogon Griff.)

to investigate lost/acquired genes during rice domestication. BMC Plant Biology

2016, 16(1):103.

微生物基因组，特别是一些深入的分析

Yuanzhi Wang, Zhen Wang, Xin Chen, Hui

Zhang, Fei Guo, Ke Zhang, Hanping Feng, Wenyi Gu, Changxin Wu, Lei Ma, Tiansen

Li, Chuangfu Chen, Shan Gao. The Complete Genome of Brucella Suis 019 Provides

Insights on Cross-Species Infection. Genes 2016, 7(2):7.

这个有PacBio测序有关术语，特别是全长转录组

任毅鹏, 张佳庆, 孙瑜, 吴振峰, 阮吉寿, 贺秉军, 刘国卿, 高山, 卜文俊. 基于PacBio平台的全长转录组测序研究. 科学通报 2016, 61(11):1250-1254.

基于PacBio全长转录组线粒体研究的新方法

Shan Gao, Yipeng Ren, Yu Sun, Zhenfeng Wu,

Jishou Ruan, Bingjun He, Tao Zhang, Xin Yu, Xiaoxuan Tian, Wenjun Bu. PacBio

Full-length transcriptome profiling of insect mitochondrial gene expression.

RNA biology 2016, 13(9): 820-825.

这个对长非编码RNA的介绍非常重要，我坚定lncRNA，必须是有原始本，前体到成熟体一套都识别后，才确定。现在大多数lncRNA都是个片段，根本说不清楚

Shan Gao, Xiaoxuan Tian, Hong Chang, Yu

Sun, Zhenfeng Wu, Zhi Cheng, Pengzhi Dong, Qiang Zhao, Jishou Ruan, and Wenjun

Bu. Two novel lncRNAs discovered in human mitochondrial DNA using PacBio

full-length transcriptome data. Mitochondrion 2017,

36:10.1016/j.mito.2017.08.002

国际上首次用小RNA测序数据检测人类病毒

Fang Wang, Yu Sun, Jishou Ruan, Rui Chen,

Xin Chen, Chengjie Chen, Jan F. Kreuze, ZhangJun Fei, Xiao Zhu, Shan Gao. Using

small RNA deep sequencing data to detect human viruses. BioMed Research

International 2016, 2016 (2016):2596782.

各种小RAN以及小RNA数据分析等

Xiaoran Niu, Yu

Sun, Ze Chen, Rugang Li, Chellappan Padmanabhan, Jishou Ruan, Jan F. Kreuze,

Kaishu Ling, Zhangjun Fei and Shan Gao. Using Small RNA-seq Data to Detect siRNA

Duplexes Induced by Plant Viruses. Genes 2017, 8(6):10.3390/genes8060163.

Ze Chen, Yu Sun,

Xiaojun Yang, Zhenfeng Wu, Kaifei Guo, Xiaoran Niu, Qingsong Wang, Jishou

Ruan, Wenjun Bu, Shan Gao. Two featured series of rRNA-derived RNA fragments

(rRFs) constitute a novel class of small RNAs. PLoS ONE 2017,

12(4):0176458.

这个是U1 snRNA研究

Zhi Cheng, Yingchun Shang, Shan Gao, Tao Zhang. Overexpression of U1

snRNA induces decrease of U1 spliceosome function associated with Alzheimer’s

disease. Journal of neurogenetics, 2017:1

这个有安捷伦系列芯片的很多术语非常重要

Zhi Cheng, Yu Sun1, Xiaoran Niu, Yingchun

Shang, Jishou Ruan, Ze Chen, Shan Gao and Tao Zhang. Gene expression

profiling reveals U1 snRNA regulates cancer gene expression. Oncotarget 2018

Zhi Cheng, Yingchun Shang, Shan Gao, Tao Zhang. Overexpression of U1

snRNA induces decrease of U1 spliceosome function associated with Alzheimer’s

disease. Journal of neurogenetics, 2017:1

这里有R语言机器学习很多包，其实是我多年代码的集合，

Yaping

Fang, Shan Gao(co-first), David Tai, C Russell Middaugh, Jianwen Fang.

Identification of properties important to protein aggregation using feature

selection. BMC Bioinformatics 2013, 14(1):314.

我这里有一个多种癌症数据集很重要

Shan

Gao, Shuo Xu, Yaping Fang, Jianwen Fang. Prediction of core cancer genes

using multi-task classification framework. Journal of Theoretical Biology

2013, 317:62-70.

机器学习很多重要词语，我的反复琢磨过

Shan

Gao, Ning Zhang, Guangyou Duan, Zhuoyang, Jishou Ruan, Tao Zhang. Prediction

of function changes associated with single-point protein mutations using

support vector machines (SVMs). Human Mutation 2009, 30(8):1161-1166.

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